Antes de começar e de fato parar o backup que está rodando precisamos de duas informações, saber o BackupSetID do conjunto de backup em questão que está rodando, e a pasta temporária no Windows aonde ficam salvos os dados dos backups em execução

Primeiro vamos pegar o BackupSetID, acesse o painel do SkyBackup via web, depois clique em Usuário, depois clique em Conjunto de Backup e selecione o conjunto que está rodando

Após selecionar o conjunto em questão, o ID já estará visível na parte superior da tela

Agora precisamos saber qual a pasta temporária aonde o arquivo running, que indica que o backup está rodando fica na máquina, normalmente ela fica neste caminho C:\Users\usuário\.obm\ipc\BackupSet dentro da pasta BackupSet deve ter uma pasta cujo nome é o ID

Agora basta pegar este script que criamos e executar ele na máquina via Powershell, após informar o BackupSetID ele vai criar um arquivo com o nome stop dentro da pasta do BackupSetID e parar o backup

Link para download do script - https://skybox.skymail.net.br/s/6YieELGwcLqDdCL

É interessante ficar de olho no caminho da pasta, se for diferente o caminho no script precisa ser alterado. Você pode editar ele no bloco de notas e executar ele via Powershell.